Trước đó, qua công tác nắm tình hình lực lượng Cảnh sát đường thủy thuộc Thuỷ đoàn 1, Cục CSGT phát hiện đường dây khai thác cát trái phép trên tuyến sông Chu ở Thanh Hoá. Đây là đường dây rất lớn, có tổ chức chặt chẽ. Đối tượng lập nhiều công ty vệ tinh để khai thác, tiêu thụ cát trái phép.
Sau khi có đủ tài liệu, chứng cứ về hoạt động tội phạm, ngày 25/3, dưới sự chỉ đạo của lãnh đạo Bộ Công an, gần 300 CBCS của Thủy đoàn I, Cục CSGT và CBCS Cục Cảnh sát Kinh tế đồng chủ trì phối hợp với Bộ Tư lệnh Cảnh sát Cơ động, một số đơn vị nghiệp vụ thuộc Bộ Công an, Viện KSND tối cao, Viện khoa học thủy lợi miền Bắc đã đồng loạt tiến hành kiểm tra, khám xét khẩn cấp các địa điểm là mỏ cát, bãi tập kết cát, trụ sở làm việc và nơi ở của các đối tượng liên quan, thu nhiều đồ vật, tài liệu, vật chứng liên quan đến hoạt động khai thác, tiêu thụ cát trái phép của các đối tượng.

Cụ thể, lực lượng CSGT đã khiểm tra mỏ cát số 2 của Công ty Thiên An Phát, ở xã Tân Châu, huyện Thiệu Hóa, tỉnh Thanh Hoá, nơi diễn ra hoạt động khai thác cát trái phép; kiểm tra các phương tiện khai thác cát tại mỏ cát số 59 của Công ty Lê Hoàng trên sông Mã đoạn thuộc phường Tào Xuyên, TP Thanh Hóa; kiểm tra hành chính các phương tiện đang neo đậu, hoạt động trên tuyến sông Chu thuộc phường Thiệu Khánh, TP Thanh Hóa, tỉnh Thanh Hóa.


Các lực lượng chức năng khác đồng loạt kiểm tra bãi tập kết cát Thiệu Nguyên của Công ty Thiên An Phát, ở xã Thiệu Nguyên, huyện Thiệu Hóa, tỉnh Thanh Hóa; bãi tập kết cát Hoằng Xuân của Công ty cổ phần Đầu tư xây dựng và Thương mại T.T , ở xã Hoằng Xuân, huyện Hoằng Hóa, tỉnh Thanh Hóa, là nơi tập kết và tiêu thụ cát được khai thác cát trái phép tại Mỏ cát số 2 của Công ty Thiên An Phát; bãi tập kết cát Thiệu Hóa của Công ty Thiên An Phát, địa chỉ tại Tiểu khu 4, thị trấn Thiệu Hóa, tỉnh Thanh Hóa…
Các tổ công tác đã tạm giữ 22 phương tiện là tàu hút cát, tàu chở có liên quan đến hoạt động khai thác cát trái phép của các đối tượng; đưa 30 đối tượng có liên quan về trụ sở Bộ Công an để làm việc, phục vụ công tác xác minh, xử lý theo quy định.
Quá trình khám xét nơi ở, nơi làm việc chính của các đối tượng, tổ công tác đã thu giữ nhiều tài liệu, vật chứng liên quan đến hoạt động khai thác, tiêu thụ cát trái phép của các đối tượng, tất cả đều được niêm phong, quản lý đảm bảo đúng quy định; kiểm tra các bãi tập kết cát của các đối tượng, tổ công tác đã phát hiện và tạm giữ hàng trăm nghìn mét khối cát là vật chứng có liên quan đến hoạt động khai thác, tiêu thụ cát trái phép của các đối tượng.
Bước đầu, cơ quan chức năng đã làm rõ, Nguyễn Xuân Tùng, đại diện pháp luật, là Giám đốc Công ty Thiên An Phát; Nguyễn Gia Hải, Nguyễn Thị Cúc, Hà Thị Nga đều là viên góp vốn Công ty Thiên An Phát.

Ngày 4/4, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự "Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên; Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" xảy ra tại Công ty Thiên An Phát và các đơn vị liên quan.
Đồng thời khởi tố và áp dụng biện pháp ngăn chặn "Bắt bị can để tạm giam" đối với 04 bị can: Nguyễn Xuân Tùng, Giám đốc, đại diện pháp luật Công ty; Nguyễn Gia Hải, cổ đông góp vốn; Hà Thị Nga, cổ đông góp vốn; Nguyễn Thị Cúc, cổ đông góp vốn Công ty Thiên An Phát cùng về 02 tội danh "Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên" quy định tại khoản 2 Điều 227 Bộ luật Hình sự 2015 và tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", quy định tại khoản 3 Điều 221 Bộ luật Hình sự 2015.
Hiện, các cơ quan chức năng của Bộ Công an đang tiếp tục đấu tranh, làm rõ hành vi vi phạm của các đối tượng.